抢渡金沙江胜利后，为扼阻追敌，打击出援敌人，争取使红军在长期行军作战后得到必要的休息和补充，中革军委指示三军团和干部团主攻会理城。会理城位于四川省南端，金沙江北岸，三面邻接云南，有内外二城，内城大、外城小、城墙完整，厚而高，利守难攻。当时红军只有轻武器，只能进行坑道爆破。

　　五月九日，开始围攻会理。守敌刘元塘纵火烧毁城内南部大片民房，给红军坑道作业带来许多困难。彭德怀亲临前线指挥，奋战五昼夜，完成了坑道作业。十四日晚爆破，但只炸开城东北角。敌军用多挺机枪，交叉射击，阻红军于城下，攻城计划未能实现。

　　五月二十日，彭德怀出席中央在会理城外召开的政治局扩大会议，即会理会议。受到不符事实的指责，但他以大局为重，严格要求自己，作了自我批评，维护了党的团结。

　　为在川西北建立新根据地，中央红军通过彝族区，分两路向大渡河挺进，途中占领了冕宁、越崔（今越西）两县，打击了川敌，为渡河创造了条件。五月二十九日，一军团二师四团攻占泸定桥，继克泸定县，保证了红军迅速渡河，三军团撤离会理北进，三十一日飞渡泸定桥。至六月二日，中央红军全部胜利地渡过天险大渡河。

　　同张国焘斗争，坚持北上

　　中央红军渡过大渡河后，继续北进，击溃在天全河堵截的敌杨森部，攻占天全、宝兴、芦花。继而翻越终年积雪，空气稀薄，道路险阴的大雪山——夹金山。六月十二日，一军团二师占领懋功，先头部队四团在达维附近与红四方面军先头部队二十五师七十四团会师。十六日，中央红军全部到达懋功地区。两大主力红军胜利会师。

　　两大红军主力会师后，总兵力达十万余。党中央根据全国政治形势和红军所处战略地位，主张继续北上，建立川陕甘根据地，以促进抗日民主运动的发展。六月二十六日，在两河口召开政治局会议，决定“集中主力向北进攻”，“首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地”，否定了张国焘提出的向川、康发展的错误方针。

　　七月二十一日，中革军委决定组织前敌总指挥部，徐向前任总指挥，陈昌浩任政治委员，叶剑英任参谋长。一方面军的一、三、五军团改为一、三、五军，九军团改为三十二军；四方面各军番号不变。为执行北上抗日方针，八月三日，中革军委决定占阿坝，北进夏河流域，在夏河流域消灭敌人，于甘南地区创造有利形势。八月十一日，中革军委决定分左右两路军北进，三军属右路军，从毛儿盖地区出发，向班佑、巴西前进，在人迹罕见的茫茫草原上行军七昼夜，到达目的地。途中歼灭了在包座堵截的胡宗南部。前卫部队一军继续向俄界地区前进；三军宿营在前敌总指挥部和毛泽东住地附近。

　　这时，三军政治委员杨尚昆调军委任职，由李富春接任。

　　九月二日上午，彭德怀在前敌总指挥部听到陈昌浩散布反对北上的言论，引起警惕，随即命令杨勇的第十团负责暗中保卫毛泽东中央领导同志的安全。遂即获知张国焘企图将红军南调和危害党中央的情报，觉得事态极其严重。彭德怀考虑到前卫部队一军已进到俄界地区，只有三军几个团驻扎在巴西，而中央领导同志又都住在前敌指挥部及其附近，如果张国焘强行解散三军，毛泽东等同南的安全无法保证，就会危及中国革命的前途。遂亲往毛泽东住处，研究摆脱张国焘羁绊的办法，决定在三军怀念部所在处召开一次中央会议，合毛泽东等中央领导得以离开前敌总指挥部。在征得陈昌浩等人同意后，会议于九月二日晚在川北巴西三军怀念部召开，中央领导同志终于脱离了险境，避免了冲突和分裂。

　　会议结束后，中央决定立即率三军先行北上，向俄界进发。

　　陈昌浩还企图取得彭德怀对张国焘右倾逃跑路线的支持，送来亲笔信，要求三军停止北进。彭德怀经向毛泽东请示，给陈写了复信，表明自己的原则立场，指责他执行南下逃跑方针给革命带来的危害，希望他能改正错误，言明“后会有期”。陈昌浩拒不接受劝告，坚持执行张国焘的错误主张，还要派兵追击一方面军，但在徐向前的抵制下，他的这一行动，未能得逞。便拉着队伍南下了。