1948年10月，周保中兼任东北滇军工作委员会副主任。他作为从云南来到东北的白族人，与时任松江省人民政府副主席、原滇军六十军军长、彝族人张冲，在以刘少奇为主任的滇军工作委员会领导下，发挥各族人民热爱祖国和拥护团结的传统，使得守卫长春的滇军适时起义，为夺取辽沈战役胜利，加速解放战争进程，避免生灵涂炭，实现民族团结和解做出了巨大贡献。周保中策动滇军在长春起义的功勋，不仅受到毛泽东主席和中央军委的高度肯定，也备受云南各族人民的赞扬。

　　新中国成立前夕，四野在北平召开高级干部会议，朱德总司令接见了前来参会的周保中，并深情地对他说：“西南白族的儿子，你在东北戍边18年，我代表人民感谢你。”毛泽东与周恩来到饭店看望周保中时，一进门，毛泽东就说：“白族兄弟，你辛苦了。”周保中听到毛主席称自己为“白族兄弟”，非常激动，握着毛泽东和周恩来的手，久久不放。坐定后，周恩来说：“我们这是第三次见面了。前两次都是把你派往北方，这次可是把你派到南方了呀！”毛泽东接着说：“是呀，现在西南、华南及陕西、湖南、湖北许多地区还在蒋介石手里。云南省地处祖国西南边疆，是民族最多的一个省份，全省4000多公里国境线呀！组织上认为派你去云南最合适。”

　　1950年2月，中央特调周保中回到他所熟悉的云南工作，肩负起云南建省、清剿国民党残敌、处理云南全省事务性工作的重任。周保中少小离家，尽管眼前的白族家园还很贫困，但丝毫不影响他对故乡的眷恋和深情。1951年12月21日，大理、丽江发生地震，他奉命到受灾最重的丽江、鹤庆查看灾情，慰问乡亲，使当地受灾群众很快振作起来。在滇西慰问期间，周保中得以回到阔别27年的故乡。家乡大理百废待兴，但他两袖清风，没有对自己的父老乡亲给予格外的关照，以至于在一段时间内受到乡亲们的误解。但随着时间的推移，周保中的高尚品德赢得了乡亲们的尊重和理解。

　　1952年底，云南局势好转，周保中根据组织安排，调至重庆任西南军政委员会政法委员会主任。到重庆以后，他忘我工作，积劳成疾，病情日益严重，不得不离职休养。周保中在晚年抱病专心撰写抗联历史资料，揭露日本侵华罪行，书写东北抗联的悲壮历史。他写下的数百万字东北抗联资料，为人们研究东北抗联史和反法西斯战争史提供了重要史料。

　　1964年2月，周保中因病逝世。如今，周保中纪念馆已在他的家乡大理市湾桥镇湾桥村落成，馆前还矗立着他高大挺拔的塑像。这里也成为爱国主义教育的重要基地。