9人联名信在武汉三镇引起强烈反响。然而，在中共中央书记处书记、中央长江局书记王明的指使下，长江局机关报《新华日报》立即于3月17日给予反驳，为这封公开信发表短评《陈独秀是否托派汉奸》，其中非但没有提供任何“证据”来证明王明、康生对陈独秀的诬陷是站得住脚的，反而强词夺理地说：“陈独秀是否汉奸问题，首先应该看陈独秀是否公开宣言脱离托派汉奸组织和反对托派汉奸行动以为断……由别人越俎代庖，均是无济于事。”并蛮横武断地说：“陈独秀自从被中国共产党开除以后，随着整个托派的堕落反动而走入完全反革命的道路。”

　　继之，《新华日报》老调重弹，又发表短评《再论陈独秀是否托派汉奸》，更加引起了公愤。爱国民主人士沈钧儒在汉口《大公报》上发表声明，明确表示不赞成给陈独秀扣上汉奸帽子。3月18日，张西曼再次致信《新华日报》，谈他为何敢负责为陈独秀辩护：“因为他出狱后，作过数度的访问。由他那抵抗倭寇侵略的坚决态度和对我所创中苏文化协会的伟大使命以及中苏两友邦联合肃清东方海盗的热烈期望中，可以证明他至少是个爱国的学者。”

　　本来，陈独秀读到康生那篇文章后，就大感冤屈；随后，又看了《新华日报》一而再、再而三诬陷的“短评”，更加恼怒万分。他为了澄清事实，洗涮冤情，于3月17日奋笔疾书，写了一封措辞十分激烈的信给《新华日报》，由此拉开了他与王明、康生等进行说理论战的序幕。文章因《新华日报》拒绝发表，几经周折后不得不改在《血路》、《武汉日报》和《扫荡报》上发表了。他在信中满腔激愤地为自己辩护说：“来武汉后……为避免增加抗战中纠纷计，一直未参加任何党派，未自办刊物。我所有的言论，事实胜于雄辩，我以为任何声明都是画蛇添足。”在信末，他对王明、康生的罪恶行径非常生气，因而言词更为激烈了：“你们向来不择手段，不顾一切事实是非，只要跟着你们被牵着鼻子走的便是战士，反对你们的便是汉奸，做人的道德应该这样吗？”

　　3月20日，《新华日报》又发表了《关于陈独秀来信》的短评，指责陈独秀要求拿出证据来，是“无赖的口吻”，“装腔作势佯作不知道”。这无疑激起了更大的公愤，于是罗汉发表了一封致周恩来等的公开长信，叙述了1937年8月至10月间与叶剑英等“很融洽”的谈判情况，驳斥了王明、康生对陈独秀、罗汉等的诬陷。与此同时，一些别有用心者也参与到对“陈独秀是否托派汉奸”问题的争论中来，并借机大肆攻击中共，致使中共的威信蒙受了影响。

　　为了捍卫中共的利益，周恩来亲自出面对各方人士做了大量工作。他几次托陈独秀的好友周钦岳等前去看望，并嘱咐陈独秀“不要活动，不要发表文章”，以免事态继续扩大。八路军驻湘办事处中共代表徐特立，也专程从长沙赶赴武汉，对陈独秀进行耐心的劝说。后来，当陈独秀夫妇迁居江津县时，周恩来在朱蕴山的陪同下，特意从重庆赶赴江津，到陈独秀家中看望。周恩来首先向卧病在床的陈独秀表示问候，在与他亲切握手之后，十分关切地问道：“独秀先生，你身居山中，日后有何打算？”

　　“恩来，我已病成这个样子，还能有什么期望和打算呢？只想在这僻静的地方，研究研究文字学。”

　　“独秀先生，你毕竟当过几届党的总书记，希望你抛弃个人成见和固执，以国家、民族为重，写个书面检查回党工作吧。毛泽东主席和中央的其他同志，都希望你去延安。”

　　“恩来，我还是那个主张，回党工作为我所愿，惟书面检查难以从命！”

　　“独秀先生，中央绝无勉强之意，请你再慎重考虑考虑，什么时候愿意去延安，中央都欢迎。希望独秀先生多保重，如果想去重庆看病，可随时去重庆找我，一定为你提供方便。”

　　“谢谢，恩来！”

　　对周恩来、徐特立的调解和关心，陈独秀深为感动，遂决定保持克制的态度。

　　“陈独秀是否托派汉奸”问题的论争虽然平息了，但陈独秀与中共的关系却永远地破裂了。