后来，针对王明的便秘和卡塔尔性黄疸，采用了传统的甘汞疗法为他治疗。这些诊治和用药方案，都是经过医疗小组集体讨论通过的。一段时间以后，王明的病情有所好转。金茂岳就通知护士对王明停止服用甘汞，但当时只通知了白班护士。在护士交班时，上白班的护士忘记了停用甘汞的交代，加之护理记录也有疏漏，夜班护士给王明继续服用甘汞，使其病情有所加重。后来，又请来陕甘宁边区政府副主席、著名的中医李鼎铭来诊治。李鼎铭诊断认为王明肝火旺盛，他开了方子，金茂岳看了一下，是黄连和茱萸等，李鼎铭要求在服用中药期间停服一切西药，一段时间后，王明病情渐有好转。

　　同年春，苏联医生阿洛夫来到中国为王明治疗，金茂岳将延安医疗小组给王明治病的情形告诉了阿洛夫。他特别讲了王明服用了两片磺胺药感到心脏疼痛而停用的事。但阿洛夫却说，他过去给病人使用过这种药，并没有出现这种情况，而且他特意从苏联带来了磺胺药，准备继续给王明服用。阿洛夫给王明服用磺胺药后又出现过以前症状。最后怎么处理的，金茂岳就不知道了。

　　后经化验查出，王明尿液里汞含量超标，王明的妻子孟庆树一听说，便到中央医院吵闹，怀疑医疗小组幕后有人指使，吵着一定要追查出幕后操纵者。

　　金茂岳回忆说，他在为王明治疗的后期，有好几次去王明家诊病，王明都提出要看他的国民党证。金茂岳说：“我哪有国民党证？我不是国民党员。”

　　王明说：“是！因为你是红十字会的人。”

　　金茂岳解释说：“参加红十字会的人，不一定都是国民党员，有许多人不是，我也不是。”后来，金茂岳再去王明家时，王明又说：“你能不能把你的国民党证借给我，介绍我去重庆看病，做一个证明呢？”金茂岳说：“我确实没有国民党证。我在重庆也不认识什么人。”其实，王明向金茂岳逼要国民党证，显然就是怀疑他是国民党派来谋害自己的，借机审查他的身份。

　　孟庆树到中央医院闹了以后，中央立即组织医务人员对王明的病情重新会诊，并派当时的中共中央秘书处处长王首道主持召开调解会。按中央的意见，傅连暲组织了延安各医院的主要医生进行大会诊。参加大会诊的有黄树则、王斌、陈应谦，还有马海德，边区政府的曲正也参加了。金茂岳介绍了王明的病情、诊断、用药等情况，会诊人员一起进行了分析。经分析，医生一致认为针对王明的病情，金茂岳和医疗小组的治疗基本正确，但使用磺胺药，对肾脏有些影响，使用甘汞治疗是有一定疗效的。但服用时间过长，导致了病情的加重，金茂岳对治疗中出现的问题负有责任，但这只是由于经验不足，制度检查不合格，措施不当造成的一次医疗事故，不存在“暗害”问题。事后，中央医院将会诊结果上报了中共中央。

　　为此事，金茂岳也为自己经验不足和疏忽感到歉疚，特意到王明家中向他致歉。王明当时表示：“这也不能怨你。”但此事并未了结，王明的妻子孟庆树不断向中央告状，就在阿洛夫来延安的那个月，中央办公厅有人来通知金茂岳：“去给首长看病。”结果他一到枣园便被社会部的人拘押，罪名是“蓄意谋害王明”。在拘押审查时，康生指使人对金茂岳大搞“逼供信”，要金承认自己是国民党特务，有意谋害王明。但金茂岳实事求是，不承认任何不实之词。

　　在金茂岳被拘押审查一年多后，有一天，突然有人通知他说：“老金，你好久没参加晚会了，今天晚上礼堂有晚会，你一定要去啊，愿意跳舞就跳舞。”那晚，金茂岳参加了晚会，毛泽东也出席了那天的晚会。有人把金茂岳领到毛泽东面前，毛泽东握着他的手说：“金茂岳，你是个好人，是个老实人啊。”晚会后没几天，金茂岳就被无罪释放，回到中央医院工作岗位。

　　事实很清楚，王明对党中央批判他的错误怀恨在心，趁机发难，把他的病情恶化，说成有人要通过傅连暲、金茂岳来暗害他，借以中伤中央领导和毛泽东。在金茂岳被关押时，在延安自然科学院上学的其子金德崇也被拘押审查，后来，金茂岳教育金德崇说：“孩子，要记住毛泽东说的四个大字‘实事求是’。是这四个字救了咱一家子啊！”

　　由于金茂岳精湛的医术和较高的思想觉悟，组织领导一直都在关心着他的进步。

　　1941年前后，毛泽东主席，朱德总司令和周恩来总理先后为金茂岳题词留念，鼓励他不断进步。毛主席的题词是：“努力救人事业毛泽东敬题金大夫”；周总理题词是：“为边区卫生工作创新纪元茂岳主任周恩来”；朱老总的题词是：“茂岳同志留念不但医人还要医国朱德”。朱总司令在题词时指出：

　　“医生医人很好，还要医国，日本帝国主义侵略我国，我们要救国，要治国，国家解放了，独立了，事情就好办了。因此医人，还要医国。”

　　1949年4月，金茂岳随中央进入北京。1952年4月，任中直二院和北京平安医院院长，1958年4月调任宁夏回族自治区卫生厅副厅长。“文化大革命”期间受到迫害，1972年任北京市卫生局副局长。1987年7月17日在北京病逝。