林基路到任后，没有坐当“县太爷”，而是带着一名维吾尔语翻译城里乡下到处转，了解到许多真实情况。一个月以后，他开始着手改革弊政了。

    县政府的监狱里，关押的犯人很多。林基路得知其中许多人都是被陷害、被冤枉的穷苦人，便秉公断案，将那些得罪了地主、官绅，交不起捐税的无辜者尽数释放。库车县原有警察200多人，多数经常欺压百姓，为害城乡，老百姓对他们敢怒而不敢言。林基路采取果断措施，只留用了20多个没有劣迹的，其余全部遣散。

    库车县的区长、乡长职位，大多由地主、乡绅把持，林基路依据省民政厅长毛泽民新定的章程，大力推行由民众选举区长、乡长，借机罢免了一批鱼肉乡民的贪官污吏。为从制度上加强民主，林基路聘请各界人士，在县里建立了政务委员会。凡遇大事，都拿到政务委员会上协商决定。

    疆农村自清朝末年起就一直实行“包税制”，地主、乡绅先向政府包交税款，再向农民摊派增加了一倍甚至几倍的捐税。林基路觉察到这种税制的严重弊端，下令废除了“包税制”，将原有的20多种捐税减少到7种。他还嫌多，又下令免去农民开荒、屠宰牲畜、到集市买卖农产品的捐税，农民的负担大大减轻。

    林基路时刻关心民间疾苦，想方设法为各族人民办实事。库车县的许多农民无地或少地，只得向地主租地，忍受高额地租的盘剥。在不能实行土地改革，从根本上解决问题的情况下，林基路想出了奖励开荒的办法。他起草了县政府的公告，宣布农民开垦出的荒地即归农民所有，三年免交土地税；第一年耕种荒地，由县政府提供种子和农具。库车县的粮仓少，每年秋后农民交纳公粮（土地税）都很费周折，得排长队等候好几天。林基路发现了这个问题，立刻责成农业科增设粮仓收粮。农民磨面主要依靠水磨，但库车的水磨几乎都被地主控制，农民磨10斤面，就要交2斤面的“加工费”。林基路在一座水磨房里看到这种情形，气愤之下马上回到县政府，要求建设科多寻找几处有条件建水磨的地方，多建造几座水磨，以成本价为农民磨面。

    新疆南部干旱少雨，农田全靠引水灌溉。林基路痛感缺水对农业生产的制约，决心动员库车人民与相邻的沙雅县人民合力开挖一条大水渠。经过两县人民10个月的努力，这条25公里长的水渠完工通水，能灌溉6万多亩耕地。流经库车县境的塔里木河，每到夏秋季节往往泛滥成灾，两岸维吾尔族农民深受其害，世世代代盼望治水。林基路沿河踏勘了上游和下游，有了修筑堤坝的设想。经县政务委员会通过后，堤坝动工了，他亲任工地总指挥。两岸各乡农民闻讯，有八九千人自动赶着毛驴车、扛着砍土镘前来参加筑坝。林基路与农民们苦干40天将堤坝筑成，既可防洪，又可蓄水灌溉，从此变水患为水利。林基路主持兴修的这两项水利工程。曾于1958年改建加固，至今还发挥着效益。

    为加快发展库车经济，林基路大力促进交通建设。他任县长期间，筹划铺筑了库车通向轮台县和新和县的两条公路，拓宽了县城的四条街道，还修建了六座桥。在重建清朝光绪年间所建的赤塔河大桥时，他亲自设计建桥方案，又多次参加建桥劳动。大桥竣工之际，各族群众提出：以林基路的名字为大桥命名，林基路执意不肯，他为大桥题写的八个字是：龟兹古渡、团结新桥。

    林基路高度重视发展库车的教育事业。他上任之初，库车县只有两所学校。他千方百计筹措经费延揽师资，在每个区、乡都建起了一两所学校。到他离开库车时，全县学校已增至35所。特别可喜的是，距离县城100公里以外的柯尔克孜族山村，也建起了有史以来的第一所学校。库车的文盲率高达90%，林基路在库车城乡广泛开办扫盲班。他请文教科在县政府门口布置了一个光荣榜，专门表彰扫盲成绩突出的教员和摘掉文盲帽子的成年人。

    林基路尊重兄弟民族的风俗习惯，时时用自己的行动维护民族团结。他在库车结识了许多维吾尔族朋友， 一有空就向他们学习维吾尔语。他的第一个孩子降生时，恰逢信仰伊斯兰教的兄弟民族的盛大节日库尔班节，他便给自己的孩子取了一个具有新疆民族色彩的名字——“库尔班阿洪”。有一 次，他在库车县城里遇见了一个沿街乞讨的维吾族小女孩尼莎罕，得知尼莎罕父母双亡、无依无靠，林基路便收养了她。他到农村视察或搞调查时，天晚了就住宿农民家中，讲清楚吃、住都不要特殊照顾。库车城乡直到今天还流传着这样两个故事：一位维吾尔族老大娘到河边打水，不慎将舀水的水瓢落入河中。老大娘急得团团转，幸好被林基路遇上了，他毫不犹豫地下了河，捞出水瓢交还给大娘。一位维吾尔族老大爷的毛驴车陷进泥坑，怎么拉也拉不上来，正巧林基路路过此地，他二话不说就跳进泥坑，帮助老大爷把毛驴车推了出来……

    盛世才统治新疆时期，县长的薪金每月有100多元。用这笔丰厚的薪金，“县太爷”满可以过上排场的生活。林基路当县长两年多，却一直过着节俭的日子。他把薪金省下来，办了许多公益方面的事。县政府的房舍年久失修，他用自己的薪金维修。县政府的官员下乡没有交通工具，他用自己的薪金买了两匹马和一辆车。他还用薪金购置了两架缝纫机，送给几位生活无着的妇女，让他们以缝纫得来的收入维持生计。

    1942年1月，林基路调任乌什县长。他在乌什打击奸商，平抑物价，又做了许多于人民有益的工作。他下发了一份《乌什县人民生计调查表》，准备根据调查结果采取措施改善乌什人民的生活。但这时盛世才决意投靠蒋介石，免去了所有在新疆工作的共产党员的官职，林基路未能在乌什办成更多的事。

    林基路奉调回到迪化（今乌鲁木齐），先是遭到软禁，1943年2月被捕入狱。在监狱中，林基路担任了党小组长，带领不屈的共产党员们与盛世才当局进行了坚决的斗争。他写下了一首《囚徒歌》，用以抒发壮志，鼓舞同狱难友：

    囚徒，新的囚徒，坚定信念，贞守立场！
    砍头枪毙，告老还乡；
    严刑拷打，便饭家常。
    囚徒，新的囚徒，坚定信念，贞守立场！
    掷我们的头颅，奠筑自由的金字塔，
    洒我们的鲜血，染成红旗，万载飘扬！

    1943年9月27日，林基路与中国共产党创始人之一陈潭秋，毛泽东的弟弟毛泽民同被盛世才杀害于新疆第二监狱。

    林基路在新疆虽只工作、生活了短短5年多时间，却产生了极为深远的影响，新疆各族人民正是从他身上看到共产党人是如何为民执政的。

    在乌鲁木齐燕儿窝林基路长眠的墓前，一年四季经常有人敬献鲜花；在新疆学院原址上扩建的新疆大学，至今保留着林基路制定的八字校训；在库车城乡，更有许多以林基路英名命名的街道，学校、水渠、堤坝、大桥……