1912年初，吴玉章到达南京时临时政府和参议院已组建，各部主要官职分配完毕。很觉歉然的居正向吴玉章表示:司局长职还可任选。吴玉章严正地说:“革命不是为了做官”，他把疆理局局长委任状退了回去。在南京，吴玉章参加《国会组织法大纲》、《选举法大纲》的拟定，担任内务部参事和筹办国史馆专员。由他倡议召开的四川革命烈士追悼会，孙中山亲往追悼会场致祭，以总统名义追赠邹容、喻云纪、彭家珍为大将军，谢奉琦为中将。后来，吴玉章在南北议和声中受孙中山邀请，去行将结束的临时总统府秘书处收拾残局。