1937年7月抗日战争全面爆发后，朱程担任河北民军的大队长、团长。他先后指挥狮山伏击战、智取九峰山等大小战斗百余次，领导开辟了沙区抗日根据地。他常对干部战士说：“民军为人民，驱逐日寇出国土，抗日救亡是民军的宗旨，谁消极和反对抗日，就和谁决裂。”1939年9月，朱程在朱德、闻允之介绍下加入中国共产党，后任冀鲁豫军区第5（鲁西南）军分区司令员。

    1943年9月21日，日军纠集1万多人发动大规模的秋季大“扫荡”，冀鲁豫军区指示第5军分区部队在曹县牵制日军。9月28日早晨，朱程率第5军分区到达曹县东南王厂村北面大堤，此时日军3000余人奔袭而来，在伪军配合下对王厂一带形成三面包围。

    朱程沉着指挥应战，命令民1团向西北突围，为保存马匹，又命令骑兵连先行突围，他带领留下的100多人，以4挺机枪与敌周旋，再伺机突围。指战员纷纷请求他撤离王厂，但他不容分辩地说：“这是命令，坚决执行！”生死关头，他先想到的是部队的安危，坚定地把生的机会留给他人。

    日伪军抢先占据王厂，以火力封锁道路。朱程命令骑兵排集中火力，消灭敌机枪火力点，部队终于占领了村边的一座土墙围子。不久，敌人在轻重机枪火力的掩护下发起进攻。为了节省子弹，朱程下令等敌冲到土墙30米时才射击。在战士们的英勇抗击下，日军三次冲锋被打退，墙外陈尸累累。恶毒的日军还施放了2枚毒瓦斯弹，大家用撒上尿的毛巾掩住鼻子，坚持战斗。敌人从三面发动更猛烈的进攻，有些敌兵已越过土墙，进入院内。朱程率领官兵与敌人展开了肉搏，有的刺刀戳弯了，就用枪托打，经过激战，部队只剩下30多人。朱程将其编成4个班，准备再坚持1个多小时就突围。不料，敌人因多次进攻不能得逞，怕天黑后更难对付，就用炮弹猛烈轰击，结果南面土墙被轰塌一段，部队又伤亡10多人。眼见敌人冲进院子，朱程只好带领战士突围，不幸被敌机枪击中，壮烈牺牲，年仅33岁。

    1943年12月23日，冀鲁豫军区举行追悼大会。冀鲁豫军区司令员杨得志在悼念文章中说：“朱程同志的牺牲，是我中华民族失一将才，边区部队失却了一个良好的指挥员，我党损失了一个优秀的布尔什维克干部。”

    2014年9月1日，朱程被列入民政部公布的第一批300名著名抗日英烈和英雄群体名录。