“文化大革命”结束不久，中共中央就开始了繁重而又复杂的拨乱反正工作。其中最为棘手的是如何评价毛泽东晚年的是非功过。陈云认为这是一个事关党和国家根本的问题，必须采取慎重的态度。为此，他和邓小平等中央领导同志一道，积极引导全党提高认识，对毛泽东晚年的错误采取客观的、实事求是的分析态度。一是提出要把毛泽东发动“文化大革命”的出发点和后果区别开来。他说:毛泽东发动“文化大革命”，“主要是为了防止出现像赫鲁晓夫那样的事件，防止中国变修，本意是很好的”。而且“当初也不是要搞那么大。”“看来这个问题需要作一个总结。当然，总结时要很慎重，要把林彪、‘四人帮'、康生、陈伯达、王（力）、关（锋）、戚（本禹）的破坏作用估计进去，适当估价文化大革命。” ［1］（pp.1538～1539） 二是提出对毛泽东的评价要严格把握分寸。陈云认为，评价毛泽东晚年的错误既敏感又复杂，把握好分寸十分重要。他说:“我们对毛主席的评价，不会像赫鲁晓夫对斯大林那样。”“对这个问题，要平心静气，不能感情用事，要慎重考虑。对毛主席的评价不仅是中国的问题，而且是世界的问题。” ［1］（p.1541） 他还赞同对“文化大革命”不用“路线”的提法，指出:“讲路线，历史上用惯了，用到谁的头上谁就不得翻身，还要上挂下联。‘文化大革命'中用得更滥了。如果讲十一大是路线错误，那问题就大了，包括叶帅，包括先念同志，包括好多人。所以，这个问题我赞成现在稿子的提法”。 ［1］（p.1542） 三是提出在《关于建国以来党的若干历史问题的决议》中增加回顾建国以前28年历史的重要意见。这个意见，解决了决议起草中的一个关键问题，得到了邓小平等中央常委的高度赞扬。因为，党的“六十年一写，毛泽东同志的功绩、贡献就会概括得更全面，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，也就有了全面的根据。” ［12］

　　1958年以来，由于在分析判断党内矛盾性质方面背离了实事求是的思想路线，正常的批评与自我批评往往被过火的斗争所代替，其结果，不仅没有达到提高思想、解决问题的目的，而且伤害了人，激化了矛盾，破坏了团结，还造成了党内政治生活极不正常的局面。为了树立正确开展党内斗争的风气，陈云积极指导了“文化大革命”的善后工作，发挥了关键性作用。一是对犯错误同志采取宽大处理、区别对待的政策。林彪、江青集团在“文化大革命”中祸国殃民，罪恶昭彰。同他们有牵连的人如何处理?这个问题在当时很难定夺，需要足够的胆识和智慧。陈云有着丰富的党内斗争经验，深知对人的处理采取慎重态度，是正确处理党内矛盾的一个重要方面。他认为，在社会主义建设新时期，对人的处理，必须服从于、服务于现代化建设这个最大的政治，要以是否有利于团结一切可以团结的力